Please use this identifier to cite or link to this item: https://hdl.handle.net/20.500.11851/2138
Full metadata record
DC FieldValueLanguage
dc.contributor.advisorDemirci, Nurdan Sankır-
dc.contributor.advisorBaştuğ, Turgut-
dc.contributor.authorGürsoy, Emre-
dc.date.accessioned2019-12-25T06:48:36Z-
dc.date.available2019-12-25T06:48:36Z-
dc.date.issued2018
dc.identifier.citationGürsoy, E. (2018). İlaç adayları için charmm uyumlu kuvvet alanı geliştirme. Ankara: TOBB ETÜ Fen Bilimleri Enstitüsü. [Yayınlanmamış yüksek lisans tezi]en_US
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.11851/2138-
dc.identifier.urihttps://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/tezSorguSonucYeni.jsp-
dc.description.abstractMaliyetli ilaç geliştirme süreci ve bilgisayar teknolojisinin geliştirilmesi ile, bilgisayar destekli ilaç tasarımı, ilaç geliştirmede popüler hale gelmiştir. Moleküler modelleme, bilgisayar destekli ilaç tasarım sürecinde önemli bir rol oynar. Mevcut Kuvvet Alanları (CHARMM, AMBER, GROMACS, vb.) yeni geliştirilen / gelişen ilaç adaylarının fiziksel özellikleri hakkında bilgi içeren parametre dosyalarına sahip değildir, bu nedenle yeni geliştirilen ilaç adaylarının bilgisayar tabanlı Moleküler Dinamik simülasyonunu gerçekleştirmeleri mümkün değildir. Bu çalışmanın temel amacı, yeni bir ilacın potansiyelini araştırmak için yeni GST-P1 inhibitörü (C19H13N5O5) CHARMM uyumlu Kuvvet Alanı parametrelerini ve daha sonra Moleküler Dinamik Simülasyonunu tanımlamaktır. Enzim inhibitör molekülü kısmen geniş bir yapıya sahip olduğundan, parametrizasyon işleminin sonucu olarak fiziksel bir sonuç elde etmek mümkün değildir, bu nedenle molekül iki küçük (kimyasal olarak dengesiz) partiküllere ayrılır. Her iki molekülde de aynı prosedür tekrarlandı, başlangıç aşamasında moleküler geometri MP2 / 3-21G * seviyesine optimize edildi. Bu bölümlerde HF / 3-21G * SP enerjisi optimize edilmiş optimizasyon geometrisi kullanılarak hesaplanmış ve molekül ve su molekülü ile etkileşime girebilen kısım hesaplanmış ve daha sonra optimal kısmi yük konfigürasyonu QM / MM fit işlemi ile hesaplanmıştır. Son olarak, bağ ve dihedral terimleri hesaplandı ve CHARMM uyumlu bir Kuvvet Alanı geliştirildi. Oluşturulan Kuvvet Alanının validasyonu Moleküler Dinamik simülasyonu ile elde edildi. Elde edilen kuvvet alanları parametreleri MD simülasyonunda uygulandı. Simülasyon sonuçlarından molekülün stabil olduğu ve RMSD değerinin kabul edilebilir (<2.0 Å) değerler içerisinde olduğu saptanmıştır. Anahtar Kelimeler: Moleküler dinamik simülasyonu, Kuantum kimyası, Elektronik yapı tayini, Parametrizasyon.tr_TR
dc.description.abstractWith the costly drug development process and the development of computer technology, computer aided drug design has become popular in drug development. Molecular modeling plays a major role in the computer aided drug design process. Current Force Fields (CHARMM, AMBER, GROMACS, etc.) do not have parameter files containing information on the physical properties of newly developed / developing drug candidates, so it is not possible for newly developed drug candidates to perform computer based Molecular Dynamics simulation. The main objective of this work is to identify the novel GST-P1 inhibitor (C19H13N5O5) CHARMM compatible Force Field parameters, and then Molecular Dynamics Simulation to explore potential for a new drug. Since the enzyme inhibitor molecule has a large structure in part, it is not possible to obtain a physical result as a result of the parametrization process, so the molecule is divided into two small (chemically unbalanced) particles. The same procedure was repeated in both molecules, at the initial stage the molecular geometry was optimized to the MP2 / 3-21G * level. HF / 3-21G * SP energy is calculated in these parts by using optimized optimizing geometry and the part that can interact with the molecule and water molecule is calculated and then the optimal partial load configuration is calculated by means of QM / MM fit process. Finally, the bond and dihedral terms were calculated and a CHARMM compatible. Force Field was developed. The validation of the generated Force Field is achieved by Molecular Dynamics simulation. According to the acceptable RMSD value (<2.0 Å) obtained from simulation, it is seen that molecule is stable. Keywords: Moleculer dynamics, Quantum chemistry, Electronic structure calculations, Parametrisation.en_US
dc.language.isotren_US
dc.publisherTOBB University of Economics and Technology,Graduate School of Engineering and Scienceen_US
dc.publisherTOBB ETÜ Fen Bilimleri Enstitüsütr_TR
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.subjectMoleculer dynamicsen_US
dc.subjectQuantum chemistryen_US
dc.subjectElectronic structure calculationsen_US
dc.subjectParametrisationen_US
dc.subjectMoleküler dinamik simülasyonutr_TR
dc.subjectKuantum kimyasıtr_TR
dc.subjectElektronik yapı tayinitr_TR
dc.subjectParametrizasyontr_TR
dc.titleİlaç Adayları için Charmm Uyumlu Kuvvet Alanı Geliştirmeen_US
dc.title.alternativeİlaç Adayları için Charmm Uyumlu Kuvvet Alanı Geliştirmeen_US
dc.typeMaster Thesisen_US
dc.departmentInstitutes, Graduate School of Engineering and Science, Micro and Nanotechnology Graduate Programsen_US
dc.departmentEnstitüler, Fen Bilimleri Enstitüsü, Mikro ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalıtr_TR
dc.relation.publicationcategoryTezen_US
item.openairetypeMaster Thesis-
item.languageiso639-1tr-
item.grantfulltextopen-
item.fulltextWith Fulltext-
item.openairecristypehttp://purl.org/coar/resource_type/c_18cf-
item.cerifentitytypePublications-
Appears in Collections:Mikro ve Nanoteknoloji Yüksek Lisans Tezleri / Micro- and Nano-Technology Master Theses
Files in This Item:
File Description SizeFormat 
542637.pdf3.03 MBAdobe PDFThumbnail
View/Open
Show simple item record



CORE Recommender

Page view(s)

154
checked on Dec 23, 2024

Download(s)

182
checked on Dec 23, 2024

Google ScholarTM

Check





Items in GCRIS Repository are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.